计算机与信息系（原名为信息工程系）是合肥工业大学（宣城校区）首批成立的五个系之一，现设有计算机科学与技术、物联网工程、电子信息科学与技术三个专业。所设专业皆具有坚实的办学基础、丰富的办学经验和鲜明的办学特色，其中含有国家级特色专业、通过教育部工程教育专业认证的特色专业、以及执行教育部卓越工程师培养计划的特色专业。

计算机与信息系设有教学行政办公室、计算机与物联网教研室、电子与通信教研室、计算中心和实验中心等五个系属二级机构。其中，计算中心和实验室中心分别设有25个机房和19个实验室，硬件设备包括2000多台计算机、32台服务器、以及多种型号的电子仪器设备等。

创新是促进高校发展核心驱动力，是建设“双一流”高校的核心竞争力，也是推动师生进步和发展的重要动力。为此，2014年成立系属“计算机与电子信息大学生创新基地”，目前基地设立“电子设计”、“机器人”、“ICPC”、“软件工程”、“移动互联网”、“飞行器创新”和“人工智能与大数据校企共建”等七个创新实验室。